С момента создания и по настоящее время Дирекция осуществляет обеспечение реализации федеральных целевых программ, государственным заказчиком которых утверждено Министерство науки и высшего образования Российской Федерации.
2030
Федеральная целевая программа «Обеспечение ядерной и радиационной безопасности на 2016—2020 годы и на период до 2030 года»
2020
Федеральная целевая программа «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014—2020 годы»
2020
Федеральная целевая программа «Развитие фармацевтической и медицинской промышленности Российской Федерации на период до 2020 года и дальнейшую перспективу»
2020
Государственная программа «Информационное общество (2011—2020 годы)»
2015
Федеральная целевая программа «Развитие электронной компонентной базы и радиоэлектроники» на 2008—2015 годы»
2011
Федеральная целевая программа «Развитие инфраструктуры наноиндустрии в Российской Федерации на 2008—2011 годы»
2013
Федеральная целевая программа «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007—2013 годы»
2006
Федеральная целевая научно-техническая программа «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники» на 2002—2006 годы»